发酵鸡粪在施用前会完全分解，并且发酵鸡粪中的虫及其卵以及一些传染性细菌会通过分解过程而失活。 因为发酵鸡粪在分解过程中会产生高温，所以很容易引起氮的流失。 因此，在发酵鸡粪分解之前，有必要添加水和5％过磷酸钙以提高肥料利用率。 完全分解后，发酵鸡粪便成为种植作物的较好基础肥料，或在冬天作为果树种植的基础肥料，并全年使用。

发酵鸡粪自然分解的方法：可以将发酵鸡粪放入粪便池中浸泡，也可以将其表面密封堆放。 传统方法是密封鸡粪并堆肥进行厌氧发酵。 分解通常需要3-4个月。 现在，通过生物技术，好氧发酵可以比传统方法快10到20倍分解。 并且，发酵鸡粪中的蛋白质和其他大分子可以分解为小分子，以促进农作物的直接吸收。发酵鸡粪完全分解后，基本上不会闻到臭味。 用强兴堆肥发酵剂发酵鸡粪，用量少，效果好，速度快。 一包（200克）发酵的2-3立方米鸡粪便可以在一周内完全分解。

当然，除了自然分解干鸡粪的方法之外，还可以使用当前用于有机干鸡粪的发酵罐。 发酵罐采用热交换原理，通过高温有氧发酵，确保罐体长时间保持约60度的温度，使罐体内的热空气循环发酵，降低能耗。
有机肥发酵罐发酵速度快。 使用工具将干鸡粪放入发酵罐中，并添加发酵细菌。 通常情况下，发酵可以在7天之内完成，从而大大节省了时间，有机肥能源和材料消耗。干羊粪的发酵也与之相似。